Kunnan ympäristöterveydenhuollolla tulee olla toimielimen hyväksymä valvontasuunnitelma, joka ohjaa säännöllistä valvontaa. Suunnitelman tulee sisältää koko ympäristöterveydenhuollon lainsäädäntö.
Kunnassa tulee myös hyväksyä taksa, jossa määrätään valvonta-, hyväksymis- ja käsittelymaksujen suuruus.
Kunnan ympäristöterveydenhuollon valvontaviranomaisten on perittävä toiminnanharjoittajilta kunnassa hyväksytyn taksan mukainen maksu suunnitelmallisen valvonnan tarkastuksista ja näytteiden tutkimuksista. Myös ilmoitusten käsittely, kohteen hyväksyminen ja määräysten noudattamatta jättämiseen perustuva valvonta on maksullista. Edellä mainittujen maksujen lisäksi kunta perii elintarvikelaissa (297/2021) ja terveydensuojelulaissa (763/1994) säädettyä valvonnan vuosittaista perusmaksua suunnitelmallisen valvonnan kohteilta. Pienimuotoinen ja yleishyödyllinen toiminta on rajattu maksun ulkopuolelle. Sen sijaan epidemioiden ja terveyshaittaepäilyjen selvittäminen tehdään kunnan kustannuksella.
Kuntaliitto on ohjeistanut maksujen perimistä ympäristöterveydenhuollon mallitaksalla, jota ympäristöterveydenhuollon valvontayksiköt voivat halutessaan hyödyntää.
Maksullisuuden tavoitteena on ollut kattaa valvonnasta aiheutuneita kustannuksia. Valvontamaksut on otettu käyttöön varsin varovaisesti, eikä maksullisuudella ole saavutettu oletettua tasoa. Valvontamaksuilla katetaan vajaa 15 % ympäristöterveysvalvonnan kustannuksista. Valvonnan perusmaksun tavoitteena on parantaa valvonnan kustannusvastaavuutta sekä edistää kuntien toimintavapautta valvonnan suuntaamisessa, niin että voimavaroja voitaisiin käyttää nykyistä laajemmin terveyshaittojen ennaltaehkäisyyn.